Matthys wurde von Melchior Hoffman zum Täufertum bekehrt.
Nach Hoffmans Inhaftierung stieg er zu einer führenden Persönlichkeit unter den
Täufern auf.
Matthys lehnte jedoch den Pazifismus und die Theologie
der Gewaltlosigkeit von Hoffman ab, denn er vertrat die Ansicht, dass
Unterdrückung mit Widerstand begegnet werden müsse.
Im Jahr 1534 übernahm die Täufer nach einem Aufstand die
Kontrolle über die Stadt Münster.
Nachdem Jan Matthys in Münster in Münster eingetroffen war, erklärte er die Stadt zum neuen Jerusalem und verkündete, nachdem viele Kirchen und Klöster verwüstet wurden, sein „apokalyptisches Programm“:
